Vệ sinh chuồng: làm sạch, khử trùng và quản lí chất thải

Làm sạch loại bỏ thức ăn thừa, chất bẩn và vật chất bám trên nền, máng, dụng cụ. Khử trùng tác động đến tác nhân gây bệnh theo quy trình, sau khi đã chuẩn bị bề mặt phù hợp. Một lượt phun lên lớp bẩn dày không thay cho việc làm sạch. Cần tổ chức vệ sinh định kì và theo tình trạng khu nuôi; giữ dụng cụ, thức ăn, nước uống được bảo vệ khỏi nhiễm bẩn trở lại. Hóa chất, thiết bị phun và công việc tiếp xúc nguồn bệnh do người phụ trách thực hiện theo hướng dẫn, không tự pha hoặc trộn hóa chất.

Chất thải cần được thu gom và đưa đến hệ thống xử lí phù hợp. Chỉ dẫn nước bẩn ra mương chung là chuyển ô nhiễm sang nơi khác. Phân, nước thải và xác vật nuôi phải được quản lí theo loại và tình trạng, không gộp mọi thứ vào một cách xử lí. Biogas, ủ phân hoặc biện pháp sinh học có thể là các khâu của hệ thống. Đầu ra vẫn cần kiểm soát trước khi sử dụng hoặc xả theo mục đích và yêu cầu áp dụng. Không coi nước sau biogas tự động sạch để uống, cấp lại cho vật nuôi hay thải trực tiếp.