Độ trong, màu nước và sinh vật thủy sinh

Độ trong liên quan khả năng ánh sáng đi qua nước, chịu tác động của hạt đất, chất hữu cơ và sinh vật phù du. Nước quá đục có thể làm giảm ánh sáng cho quang hợp. Nước rất trong trong một mô hình dựa thức ăn tự nhiên có thể cho thấy nguồn sinh vật phù du ít, nhưng cần kiểm tra thêm. SGK nêu ví dụ màu xanh nhạt thường gắn với điều kiện phù hợp trong ao nước ngọt, màu vàng nâu ở một số môi trường lợ, mặn; màu xanh rêu đậm có thể gợi ý tảo phát triển quá mức. Đây là dấu hiệu theo bối cảnh, không phải phép xác định loài tảo, chất độc hay chất lượng toàn bộ nước bằng mắt.

Thực vật thủy sinh có thể cung cấp nơi trú, thức ăn và oxygen qua quang hợp khi có ánh sáng. Sinh vật phù du tham gia lưới thức ăn, là nguồn thức ăn tự nhiên của nhiều đối tượng ở những giai đoạn phù hợp. Mật độ quá cao có thể che sáng, cản trao đổi khí hoặc làm nhu cầu oxygen tăng. Khi khối lượng sinh vật chết bị phân giải, DO có thể giảm thêm. Vì thế, không cố làm nước càng xanh đậm càng tốt, cũng không tự dùng hóa chất diệt toàn bộ sinh vật chỉ vì màu nước thay đổi.